Dentro del Club, en cada periodo, se conforman tres casas diferentes para lograr que los participantes se involucren de lleno en un trabajo en equipo, optimizar el tiempo de trabajo teniendo grupos pre-existentes y desarrollar una competencia que estimule a los niños a desarrollar todas las actividades del mejor modo posible.

Anteriormente las casas eran nombradas en honor a las partículas que conforman el átomo: protones, neutrones y electrones. El Grupo Quark, que imparte los talleres del Club, trata de impulsar la popularización de descubrimientos científicos recientes, como el caso de los propios Quarks. Estas partículas fundamentales, las más pequeñas que se conocen junto a los electrones, tienen una propiedad llamada color (que no tiene nada que ver con nlos colores que normalmente obsrvamos); de tal suerte existen Quarks rojos, verdes y azules, que serán los que den nombre a las tres nuevas casas del Club de la Ciencia.

Por otro lado estas partículas dividen en dos tipos que son los Quarks Arriba (up) y Quarks Abajo (down). Esta otra clasificación nos permitirá dividir también a los participantes, de acuerdo a su edad, de modo que los talleres puedan ser imaprtidos en coherencia con la edad de los participantes.